Während der geplanten Unterbrechung der Gäubahn im Zuge der Inbetriebnahme von Stuttgart 21 plant das Land verbesserte Zugverbindungen von Stuttgart nach Zürich und auf einigen Zulaufstrecken. Metropolexpresszüge (MEX) sollen im Großraum Stuttgart zusätzlich eingesetzt werden, um die Kapazitäten zu erhöhen und die Anzahl der Fahrten im Regionalverkehr deutlich zu verbessern. Die S-Bahnlinie 1 soll im regionalen Schienenverkehr an Werktagen stündlich von Herrenberg nach Horb verlängert werden, um eine durchgehende, umsteigefreie Verbindung von Horb zum Stuttgarter Hauptbahnhof zu gewährleisten.
Die Gäubahn soll voraussichtlich Mitte 2026 mit dem Bau des Pfaffensteigtunnels unterbrochen werden, um die Strecke bei Böblingen mit dem Stuttgarter Flughafen zu verbinden. Diese Unterbrechung soll bis 2032 andauern. Während dieser Zeit werden Fahrgäste in Stuttgart-Vaihingen auf den Nahverkehr umsteigen und zum neuen unterirdischen Bahnhof gelangen. Die geplante Streckenunterbrechung stößt auf Widerstand, mit Umweltverbänden, die dagegen gerichtlich vorgehen.
Es wird appelliert, die Planung und den Bau des Pfaffensteigtunnels zügig voranzutreiben und die Finanzierung sicherzustellen, da die Gäubahn als internationale Nord-Süd-Verbindung von großer Bedeutung ist. Ein vorgestelltes Konzept sieht auch Verbesserungen für den südlichen Teil der Gäubahn und die weiterführenden Bahnlinien vor. Unter anderem sollen zwei zusätzliche Expresszugpaare das Fahrtenangebot zwischen Stuttgart und Singen am Morgen und Abend verbessern.
Die Verbesserungen im Zugangebot werden von lokalen Politikern positiv bewertet. Der Oberbürgermeister von Horb, Peter Rosenberger (CDU), bezeichnet die Metropolexpress-Strategie als eine deutliche Verbesserung für die Kommune. Ebenso zeigt sich der Oberbürgermeister von Rottweil, Christian Ruf (CDU), zufrieden mit der erreichten Verbesserung des Zugangebots und betont die Bedeutung der Bahn für die Landesgartenschau 2028.
Es wird angestrebt, die Gäubahn als wichtige internationale Nord-Süd-Verbindung weiter zu stärken und die Schienenverbindungen in der Region zu verbessern, um den Personenverkehr attraktiver und effizienter zu gestalten.