Die Bundesrepublik Deutschland hält am Flughafen München einen Anteil von 26 Prozent, während weitere Gesellschafter der Freistaat Bayern und die Stadt München sind. Am Flughafen Köln/Bonn besitzt der Bund knapp 31 Prozent der Anteile, und weitere Gesellschafter sind das Land Nordrhein-Westfalen, die Städte Köln und Bonn sowie der Rhein-Sieg-Kreis und der Rheinisch-Bergische Kreis.
Ein Bericht aus dem Bundesfinanzministerium, der dem Handelsblatt vorliegt, wirft jedoch Fragen über die Zukunft der Bundesbeteiligungen auf. Das Ministerium erkundigte sich in allen Ressorts, ob weiterhin ein besonderes Interesse an den insgesamt 118 direkten Beteiligungen des Bundes besteht. Lediglich für drei Beteiligungen, die dem Verkehrsministerium unterliegen, wurde dies nicht bestätigt: die Flughäfen München und Köln/Bonn sowie die Internationale Moselgesellschaft, zuständig für den Ausbau der Schifffahrtsstraße auf der Mosel.
Schon zuvor hatte der Bund in Betracht gezogen, seine Beteiligungen an den beiden Flughäfen zu veräußern, stieß jedoch auf Widerstand seitens der Landesregierungen. Die Zukunft der Bundesbeteiligungen an den Flughäfen München und Köln/Bonn bleibt somit unsicher, da ein besonderes Interesse seitens des Bundes nicht mehr bestätigt wurde.
