Infolge eines anhaltenden Personalengpasses am Flughafen Köln/Bonn werden weiterhin regelmäßig Flüge gestrichen, was zu Verzögerungen am Check-in und den Sicherheitskontrollen führt. Manchmal fallen sogar ganze Flüge aus. Eine Liste der heutigen Flugausfälle von und nach Köln/Bonn ist verfügbar, um Reisenden Transparenz zu bieten.
Die Gewerkschaft Verdi rief am 14. März zu einem Warnstreik am Flughafen Köln/Bonn auf, der zu einer Annullierung oder Umleitung aller geplanten Flüge führte. Die Situation normalisierte sich am 15. März in Köln, jedoch folgten Streiks an anderen Standorten wie Dortmund und Weeze. Warnstreiks bei der Lufthansa im März beeinträchtigten auch die Flughäfen Düsseldorf und Köln/Bonn, während ein unangekündigter Verdi-Streik in den Sicherheitskontrollstellen zusätzliche Probleme verursachte.
Ein bundesweiter Warnstreik des Lufthansa-Bodenpersonals am 20. Februar 2024 betraf ebenfalls den Flughafen Köln/Bonn. Während der Corona-Pandemie führten hoher Andrang und Personalengpässe an den Flughäfen zu langen Wartezeiten. Im Sommer, Herbst und Winter 2022 kämpften die Flughäfen mit überfüllten Warteschlangen. Unruhen entstanden auch durch Streiks, wie der Eurowings-Streik im Oktober 2022.
Die Winterferien 2022 verliefen am Flughafen Köln/Bonn trotz einiger Warteschlangen am Sicherheitscheck relativ ruhig. Im April 2023 fanden Streiks an den größten Flughäfen NRWs statt, was erneut zu erheblichen Störungen im Flugverkehr von Köln/Bonn führte. Reisende sollten sich vor Antritt ihres Fluges über mögliche Unregelmäßigkeiten informieren, um Unannehmlichkeiten zu vermeiden.
