Der Flughafen Köln/Bonn hat aufgrund eines Personalengpasses mit wiederholten Streichungen ganzer Flüge zu kämpfen, wodurch Verzögerungen am Check-in und an den Sicherheitskontrollen regelmäßig auftreten. Vereinzelt müssen Flüge sogar vollständig gestrichen werden. Eine Liste der heutigen ausgefallenen Flüge von und nach Köln/Bonn ist verfügbar.
Warnstreiks der Gewerkschaft Verdi am Flughafen Köln/Bonn haben zu erheblichen Beeinträchtigungen geführt. Am 14. März waren alle geplanten Flüge von Annullierungen oder Umleitungen betroffen. Die Situation normalisierte sich am 15. März in Köln, jedoch folgten Streiks an anderen Standorten wie Dortmund und Weeze.
Die Auswirkungen des Lufthansa-Warnstreiks vom 7. bis 9. März betrafen auch die Flughäfen Düsseldorf und Köln/Bonn. Unangekündigte Verdi-Streiks an Sicherheitskontrollstellen führten zu Beeinträchtigungen. Auch am 20. Februar 2024 gab es einen bundesweiten Warnstreik des Lufthansa-Bodenpersonals, der den Flughafen Köln/Bonn tangierte.
Während der Corona-Pandemie führte der hohe Andrang an Flughäfen zu Chaos und langen Wartezeiten. Der Personalabbau und krankheitsbedingte Ausfälle verschärften die Situation. In den Sommer-, Herbst- und Wintermonaten 2022 kam es zu überfüllten Warteschlangen an den Schaltern und Sicherheitsbereichen. Obwohl die Lage über Weihnachten und die Winterferien 2022 am Flughafen Köln/Bonn entspannt blieb, sorgten Streiks im Oktober 2022 und April 2023 für erhebliche Störungen im Flugverkehr.