Der Schritt folgt einer Reihe mysteriöser Angriffe auf Militärbasen und Munitionsdepots im Land.
Russland hat in den letzten Monaten auch eine Reihe von Flammen gesehen, die durch Einkaufszentren, Fabriken und andere Einrichtungen fegten.
Herr Putin hat auch eingeräumt, dass Spionageagenturen, die in den besetzten Teilen der Ukraine arbeiten, „eine schwere Zeit hatten“, da „die Situation in den Regionen Donezk, Luhansk, Cherson und Saporischschja hochkomplex ist“.
Lokale Kollaborateure sowie russische Beamte, die zur Arbeit in die besetzten Gebiete entsandt wurden, wurden Ziel zahlreicher Bombenanschläge durch mutmaßliche ukrainische Widerstandskämpfer.
Herr Putin machte die Bemerkungen in einer Videoansprache zum Tag des Geheimdienstoffiziers des Landes, kurz bevor er im Kreml staatliche Auszeichnungen an russische Spione und Separatistenführer zweier von Russland annektierter ukrainischer Regionen überreichen sollte.
„Wir müssen die Aktivitäten ausländischer Geheimdienste entschlossen unterdrücken und Verräter, Spione und Saboteure umgehend aufdecken“, sagte er.
Der Präsident, der zuvor als Direktor des russischen Spionagedienstes fungierte, wies den FSB an, die „Nutzung des operativen, technischen und personellen Potenzials“ zu maximieren, um die Kontrolle über die Gesellschaft zu verstärken.
Erst letzte Woche fing eine Ölraffinerie in der ostsibirischen Stadt Angarsk ohne Erklärung Feuer.
Anfang Dezember brannte nach einem Drohnenangriff ein Öltanker auf einem russischen Flugplatz in der Region Kursk nahe der Grenze zur Ukraine.
Nur wenige Wochen zuvor brannte in der Region Brjansk nahe der Grenze ein weiteres Öldepot. Russische Medien machten einen weiteren ukrainischen Drohnenangriff dafür verantwortlich.
Die Äußerungen von Herrn Putin kommen inmitten einer Hexenjagd, bei der zufällig Russen sowie Wissenschaftler, die an internationaler Forschung beteiligt sind, wegen Spionage verurteilt wurden.
Das russische Parlament hat am Montag Änderungen des berüchtigten Gesetzes über „ausländische Agenten“ verabschiedet, das es den Behörden erlaubt, Menschen wegen ihrer Verbindungen zu internationalen Regierungen und NGOs oder der Nichteinhaltung verschiedener hochkomplexer bürokratischer Anforderungen inhaftieren zu lassen.
Russischen „ausländischen Agenten“ wurde kürzlich verboten, in staatlichen Institutionen zu unterrichten, mit Kindern zu arbeiten oder sich um Stellen bei der Strafverfolgung zu bewerben. Die wachsende Liste der Restriktionen hat unangenehme Vergleiche mit frühen Dekreten in Nazi-Deutschland gezogen, die ein gutes Jahrzehnt vor Beginn des Holocaust die Rechte von Bürgern jüdischer Abstammung beschnitten.
Am Montag schlug Herr Putin bei Gesprächen mit dem belarussischen Diktator Alexander Lukaschenko auf nicht näher bezeichnete „Feinde“ ein, weil sie die wachsende Integration Russlands mit seinem Nachbarn vereiteln wollten.
Er bestritt jedoch, dass Moskau das Land „aufsaugen“ werde, und behauptete, eine Annexion mache „keinen Sinn“.
Er versuchte auch, Befürchtungen zu zerstreuen, dass Moskau Weißrussland als Startrampe für einen weiteren Angriff auf Kiew nutzen würde.
Weißrussische Menschenrechtsaktivisten berichteten letzte Woche von einer verstärkten Bewegung russischer Truppen im ganzen Land, und ein hochrangiger ukrainischer Kommandant sagte heute Morgen, dass Moskaus Jets dort trainiert hätten, um für einen möglichen neuen Raketenangriff auf die Ukraine zu üben.
Das Weiße Haus sagte am Montagabend, es überwache alle Aktivitäten in Belarus nach dem Besuch von Herrn Putin.
Unabhängig davon sagte der ukrainische Generalstab am Dienstag, Russland habe seit Beginn der Invasion im Februar mehr als 99.000 Opfer zu beklagen.
Russland hat seine offizielle Zahl der Todesopfer seit Monaten nicht bekannt gegeben.
Das angesehene russische Medienunternehmen MediaZona, das Berichte über in der Ukraine getötete russische Soldaten anhand öffentlich zugänglicher Daten bestätigt, berichtete, dass es den Tod von mindestens 10.229 russischen Soldaten bestätigt habe.